Zend Frameworkで多対多のテーブルをリレーション無しで扱う。:

Zend Frameworkで多対多のテーブルを簡単に扱う。: PHPの種 ブログ

RDBMS上でリレーションを組んでおけば、Zend_Db_Tableの設定で 親側のテーブルに $_dependentTables を指定しなくてもよいので楽です。

つまり強制MyISAMのさくらレンサバでは。。
$_dependentTablesを指定しましょう。